Andrés Hurtado empieza a estudiar medicina, pero conocer el cuerpo no le da poder para remediar todo lo que encuentra a su alrededor. En El árbol de la ciencia, Pío Baroja sigue a un protagonista que presencia la miseria y el dolor de una sociedad ante la que se siente impotente. La distancia entre comprender una situación y conseguir transformarla convierte sus estudios en algo más que el comienzo de una profesión: son también el punto de partida de una inquietud personal.

Esa inquietud enfrenta dos maneras de mirar la vida. Si las condiciones físicas parecen imponer sus límites, la conciencia de Andrés se resiste a aceptar sin más lo que sucede. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral, la novela plantea la búsqueda de un camino propio, sin reducirla a una elección sencilla. El conflicto no reside solo en lo que Andrés observa, sino en cómo vivir sabiendo que reconocer una injusticia no equivale a poder corregirla.

La medicina enlaza la trayectoria del protagonista con la de Baroja, que se doctoró en esa disciplina y la ejerció antes de dedicarse a la literatura. La novela incorpora además preocupaciones filosóficas y sociales junto a elementos autobiográficos. Esa combinación sitúa la lectura cerca de las preguntas de formación personal, pero mantiene la mirada puesta en la miseria y el dolor que provocan esas preguntas. Las ideas no quedan al margen de la vida de Andrés: forman parte de su intento de orientarse en ella.